El CECI está presente en la región de los Grandes Lagos Africanos desde los años 1980. Ha realizado proyectos regionales en Ruanda, Burundi y la República Democrática del Congo en torno a la promoción de la democracia y los derechos humanos, apoyo al desarrollo democrático y gobernabilidad, y lucha contra la violencia hacia las mujeres.
El CECI también intervino en Ruanda para apoyar la reconstrucción luego del genocidio de 1994.
